中国康复医学会脑血管病专业委员会副主任委员；中华物理医学与康复杂志副主编辑、常务编委或编辑委员；广东省康复医学会会长；广东省康复医师分会常务秀员。曾任中华物理医学与康复学会常务委员；广东省医学会物理医学与康复学分会主任委员。

窦祖林教授领导的科研团队先后获得国家自然科学基金18项，其中本人作为项目负责人主持国家自然科学基金项目3项；此外，获国家科技部、广东省各级各类课题60余项；发明实用新型专利10余项；《导管球囊扩张术在吞咽障碍中的应用》获2014年广东省政府科学技术奖励三等奖；主持《中国吞咽障碍评估与治疗康复专家共识2013版》编写，主编《实用瘫痪康复》《痉挛评估与治疗》《吞咽障碍评估与治疗》《作业治疗学》等专著8部，均由人民卫生出版社出版；副主编参编专著、教材20余部。在国内外专业杂志以第一作者或通讯作者发表论文110余篇，其中SCI收录全文15篇，接要收录12篇。